ข้อเสนอแนะในการตั้งชื่อ เพื่อตั้งชื่อไวรัสตามนครอู่ฮั่นซึ่งเป็นสถานที่ที่ไวรัสได้รับการยืนยันครั้งแรกว่า ไวรัสโคโรนาระบบทางเดินหายใจอู่ฮั่น (WRS-CoV) ไม่ได้รับการพิจารณา เหตุผลหนึ่งที่เป็นไปได้ที่ได้รับจากผู้เชี่ยวชาญก็คือ การร้องเรียนในอดีตเมื่อไวรัสถูกตั้งชื่อตามแต่ละประเทศหรือภูมิภาค (ตัวอย่างเช่น ไวรัสโคโรนาสายพันธุ์กลุ่มอาการโรคทางเดินหายใจตะวันออกกลาง MERS-CoV)[29] ข้อมูลไวรัสได้ถูกรวมอยู่ในฐานข้อมูลอนุกรมวิธานของ NCBI (ซึ่งไม่เกี่ยวข้องกับชื่อไวรัสและการจำแนกประเภท) ภายใต้ชื่อ Wuhan seafood market pneumonia virus[30]

ในช่วงที่มีการระบาดอย่างต่อเนื่อง การกล่าวโดยทั่วไปถึงไวรัสมักใช้คำสามัญคือ "ไวรัสโคโรนา", "ไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่" และ "ไวรัสโคโรนาอู่ฮั่น"[31][32] ในขณะที่องค์การอนามัยโลก ได้แนะนำการกำหนดชื่อของไวรัสชั่วคราวคือ "2019-nCoV" ท่ามกลางความกังวลว่าการไม่มีชื่ออย่างเป็นทางการอาจนำไปสู่การใช้ชื่อที่ไม่เป็นทางการที่มีอคติ ตามแนวปฏิบัติขององค์การอนามัยโลก ฉบับปี พ.ศ. 2558[32][33] คณะกรรมการระหว่างประเทศว่าด้วยอนุกรมวิธานของไวรัส (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV) จะเป็นผู้แนะนำชื่ออย่างเป็นทางการที่เหมาะสมของไวรัส[31]

เมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 องค์การอนามัยโลกได้ระบุชื่อของโรคที่เกิดจากไวรัสนี้ว่า "COVID-19" ซึ่งย่อมาจาก "coronavirus disease 2019" หรือ โรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019[34][35]

และต่อมาในวันเดียวกัน (11 กุมภาพันธ์) คณะกรรมการระหว่างประเทศว่าด้วยอนุกรมวิธานของไวรัส (ICTV) ประกาศว่าตามกฎที่มีอยู่ซึ่งคำนวณความสัมพันธ์แบบสายลำดับชั้นของไวรัสโคโรนา บนพื้นฐานของลำดับของกรดนิวคลีอิกที่เหมือนกันห้าตำแหน่ง ทำให้ความแตกต่างของสายพันธุ์ (strain) ไวรัสสายพันธุ์ใหม่นี้จาก สายพันธุ์ไวรัสจากการระบาดของโรคซาร์สในปี พ.ศ. 2546 ไม่เพียงพอที่จะทำให้เป็นสปีชีส์ของไวรัสที่แยกจากกัน ดังนั้นคณะกรรมการจึงระบุว่า 2019-nCoV เป็นสายพันธุ์ของไวรัสโคโรนาที่เกี่ยวข้องกับโรคทางเดินหายใจเฉียบพลันรุนแรง (SARS-CoV)[36]